Ce sont les chefs d’Etat et de gouvernement qui nomment le président de la Commission, mais en tenant compte du résultat des élections européennes. Ensuite, le Parlement européen approuve cette désignation.
Le président définit les orientations de la Commission qui dispose de l’initiative législative. Le Parlement européen, à la différence des Parlements nationaux, ne peut pas déposer de propositions de directives, mais peut seulement demander à la Commission de le faire. Cette restriction, instaurée par les traités, vise à préserver la cohérence de l’action communautaire, celle-ci étant assurée par la Commission censée représenter l’intérêt général européen.
La commission est composée de 27 commissaires correspondant au nombre d'Etats membres de l'Union européenne. C’est le président qui désigne ses collègues de la Commission, en accord avec les gouvernements des États membres. Ils sont ensuite soumis collégialement à un vote d'approbation du Parlement européen. Le nombre de commissaires pourrait évoluer en fonction de l'entrée en vigueur ou non du traité des Lisbonne.
Il prend part aux réunions du Conseil européen et du groupe des sept pays les plus industrialisés et de la Russie (G8) en tant que représentant de la Commission. Il participe aussi aux grands débats du Parlement européen et du Conseil des ministres de l'Union européenne.
Le président est épaulé par un cabinet et un secrétariat général, chargé de l'organisation concrète du travail de la Commission et de ses relations avec les autres institutions, ainsi que de la coordination entre les services de la Commission.
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