Alors qu'il a seulement repris l'entraînement collectif dimanche, à la suite de sa grave blessure au genou en décembre, Pepe a été intégré dans la liste des 23 joueurs du Portugal pour la Coupe du monde en Afrique du Sud. Le défenseur central du Real Madrid est devenu un élément essentiel du Portugal lors des éliminatoires dans une position de milieu récupérateur juste devant la défense. C'est Zé Castro, arrière central du Deportivo La Corogne, qui est exclu du groupe par Carlos Queiroz.