Cette double casquette lui vaut des critiques. Jean-François Boutet, le conseiller spécial de la garde des Sceaux Christiane Taubira, continue d'exercer ses fonctions d'avocat, notamment au Conseil d’État et à la Cour de cassation, un cas inédit, selon les informations de Paris-Match. Depuis qu'il a été nommé au cabinet de la ministre, Jean-François Boutet a défendu lui-même plusieurs clients, dont le groupe Axa ou l'Urssaf des Alpes-Maritimes. Pour un magistrat de la Cour de cassation, "déontologiquement, ce n'est pas correct".
L'intéressé ne voit de son côté aucun problème et assure avoir accepté de devenir conseil spécial "à titre bénévole". "Je ne plaide ni pour ni contre l’État", affirme-t-il. Selon Paris-Match, il a pourtant plaidé notamment face au musée du Quai Branly pour Axa.