"Le dit bail emphytéotique administratif litigieux doit être regardé comme accordant une subvention à l'association cultuelle", c'est la conclusion du tribunal administratif de Marseille dans son jugement. Signé pour une durée de 99 ans, le bail prévoyait le versement d'un loyer symbolique de 300 euros par an. Or selon le tribunal, ce projet est en violation avec l'article 2 de la loi de 1905 sur la séparation de l'Eglise et de l'Etat. Il a suivi les conclusions du commissaire du gouvernement qui avait jugé le prix de ce loyer "anormalement bas" par rapport au prix du marché immobilier. Le tribunal a également mis en exergue un "manque d'information des élus" auxquels n'a pas été communiqué la "valeur fiscale" du terrain. Le maire UMP de Marseille, Jean-Claude Gaudin, avait fait voter, le 17 juillet 2006, une délibération autorisant la location d'un terrain de 8.600 mètres carrés dans les quartiers du nord de la ville à l'association "La mosquée de Marseille". Le but était de permettre l'édification d'un "lieu de culte significatif" dans la deuxième ville de France et de "faire sortir l'islam des caves" comme le souhaitait les dignitaires musulmans locaux. Le projet d'un coût de six millions d'euros devait être financé par des fonds privés en raison de la loi de 1905.