Les affaires de dopage ont une nouvelle fois fait vaciller le Tour de France. Tout d'abord, le 18 juillet, l'Allemand Patrik Sinkewitz, coureur d'une équipe T-Mobile repentie et impatiente de redorer son image, a été déclaré positif à la testostérone. Les chaînes de télévision ARD et ZDF ont alors cessé leurs retransmissions du Tour. En terme de marché télévisuel, l'Allemagne est le deuxième budget derrière la France. Ensuite, le 24 juillet, c'est Alexandre Vinokourov qui a été déclaré positif à une transfusion sanguine homologue après la 13e étape. Cela n'a fait que confirmer les soupçons qui entouraient l'ancien coureur de la T-Mobile, devenu leader d'une équipe Astana qui avait tous les airs d'un groupe de mercenaires. Perçu par le public comme un coureur courageux, au tempérament indomptable, prêt à mourir sur un vélo plutôt que d'abandonner, le contrôle positif du Kazakh a déçu le public. Le 25 juillet, l'Italien Cristian Moreni a été déclaré positif à la testostérone. L'équipe Cofidis a immédiatement accepté de se retirer de la course. Le coup était d'autant plus rude que la formation nordiste, après avoir été prise dans des affaires de dopage, s'était achetée une conduite. Contrairement à ce qu'il se passait autrefois, l'équipe ne s'est pas contentée de couper la branche pourrie et de se désolidariser de son coureur. Une nouvelle responsabilité incombe désormais aux équipes: elles doivent s'assurer de la probité de leurs coureurs. Sinon, la punition est collective. Enfin, le même soir, le maillot jaune lui-même, Michael Rasmussen a été licencié par son équipe Rabobank. Il avait menti sur ses lieux d'entraînement au mois de juillet. Mal aimé de ses collègues, conspué par le public, Rasmussen, n'a pas été contrôlé positif. Mais trop de doutes et de zones d'ombre entouraient sa personne.Les organisateurs du Tour n'ont jamais clairement dit avoir fait pression sur le sponsor Rabobank, mais ils ont reconnu l'existence de nombreux contacts. La nouveauté est qu'un coureur peut être sanctionné même s'il n'est pas pris en flagrant délit de triche. Un simple faisceau de présomptions peut suffire.