Le gouvernement égyptien préférerait que le Soudan reste uni mais estime que la partition de son grand voisin du Sud paraît inévitable. Un référendum sur l'indépendance du Sud-Soudan devrait avoir lieu le 9 janvier aux termes de l'accord pour une paix globale qui a mis fin en 2005 à plusieurs décennies de guerre civile. Mais les préparatifs pour cette consultation ont pris du retard et le ministre égyptien des Affaires étrangères, Ahmed Aboul Gheït, juge que ni le Nord musulman, ni le Sud chrétien et animiste n'ont fait depuis cinq ans d'"efforts sérieux pour rester ensemble".