La Cour des comptes, chargée de vérifier la régularité des comptes publics, n'est pas entièrement satisfaite de la gestion de l'Etat. La Cour a bien certifié, ou validé, les comptes de l'Etat pour l'exercice 2008 mais elle a notifié douze réserves, dont 9 "substantielles". Dix de ces réserves avaient déjà été formulées l'an dernier.
La Cour des Comptes déplore toujours par exemple les lacunes dans la comptabilité de la myriade "d'opérateurs de l'Etat" tels que l'Office des national des forêts, le CNRS, la Bibliothèque nationale de France, les universités ou les musées. La Cour épingle cette année encore la comptabilisation des actifs du ministère de la Défense, jugée très peu fiable.
La Caisse d'amortissement de la dette sociale (Cades) vaut également à l'Etat une nouvelle "réserve substantielle" en 2008. La Cour des comptes estime en effet que cette entité, créée en 1996 par l'Etat pour rembourser la dette de la Sécurité sociale, est de fait rattachée à l'Etat. Ce n'est aujourd'hui pas le cas sur le plan comptable.
Malgré ce sombre tableau, la Cour des Comptes constate d'"incontestables avancées". Elle se félicite notamment que l'Etat ait tenu compte de ses remarques en intégrant dans ses comptes plusieurs activités, à savoir les garanties gérées par l'assureur crédit Coface pour l'Etat et les fonds d'épargne de la Caisse des dépôts, levant ainsi l'une de ses réserves.
Au bilan, les actifs nets de l'Etat se montaient au 31 décembre 2008 à 639 milliards d'euros et le passif à 1.325 milliards d'euros, soit un déficit de 686 milliards d'euros, en détérioration de 29 milliards.
La Cour peut certifier les comptes sans réserve, les certifier avec réserves, prononcer l'impossibilité de certifier ou refuser de certifier.